要探索口袋妖怪火红中的三个岛屿，玩家首先需要满足特定的游戏进度条件。在完成关都地区的主线剧情，即挑战并战胜八个道馆馆主以及联盟冠军才能从大木博士那里获得前往岛屿区域的关键道具——船票。拥有船票后，便可以在枯叶市的码头乘船，依次解锁并前往一之岛、二之岛和三之岛进行探索。这些岛屿构成了游戏后期的重要探索区域，隐藏着不少强大的传说宝可梦。
一之岛是神兽分布最为明确和集中的区域。该岛屿上最著名的灯火山（也称火焰山）山顶，栖息着传说中的火系神兽火焰鸟。这只宝可梦等级通常在50级左右，拥有强大的火系招式，是玩家在岛屿区域最早可以定位并尝试捕捉的传说宝可梦之一。计划捕捉神兽时，许多玩家会将灯火山的火焰鸟作为首要目标。
与一之岛拥有固定神兽不同，二之岛和三之岛的主要功能更侧重于推进特定剧情和获取重要道具。二之岛的道路中央可能会被一只沉睡的卡比兽阻挡，需要玩家从紫苑镇获得宝可梦笛子才能将其唤醒并继续通行。而三之岛则分布着一些自称暴走族的训练家等待挑战。虽然这两座岛屿的探索核心并非直接遭遇神兽，但完成这里的任务对于解锁后续更广阔区域的访问权限至关重要，而一些更强的传说宝可梦实际上存在于更靠后的岛屿群中。
除了火焰鸟，游戏中还有多只经典神兽位于与岛屿航线相关的特定地点，但它们并不直接存在于前述的三个岛屿上。电系神兽闪电鸟位于枯叶市附近的无人发电厂最深处。冰系神兽急冻鸟则需要玩家前往双子岛，在洞穴深处通过推动巨石解谜，堵住瀑布水流后才能见到。而超梦则隐藏在华蓝洞窟的底层。当玩家图鉴收集达到一定数量或完成特定事件后，可以前往更遥远的岛屿，例如第七岛或第八岛，那里才有可能遇到像洛奇亚和凤王这样等级高达70级的传说宝可梦。
